Первая возможная причина расхождения (если принять, что показания счетчика, с которыми Вы сравниваете, являются верными) - неверная настройка либо измеряющего расход "датчика", либо вычисляющего приведенный расход "трубопровода" ("датчик" и "трубопровод" в терминах ТЭКОН). Проверьте настройку согласно РЭ.
Вторая возможная причина - если выход датчика на герконе, он, как правило, имеет сильный дребезг, в результате чего ТЭКОН воспринимает лишние импульсы. Обязательно при описании датчика включите цифровую фильтрацию соответствующего входа, причем самую сильную (см. РЭ на ТЭКОН-17, есть на сайте).